土地确权后有纠纷的处理办法如下：
1.当事人协商解决
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所谓协商解决是指土地纠纷发生以后，由当事人在自愿、互谅的基础上，按照有关法律规定，在不损害他人利益的前提下，直接进行磋商，自行解决纠纷的办法。
协商解决后，当事人双方应当签署协议。该协议由当事人自愿执行，没有法律的约束力。如果当事人一方后悔，拒绝执行，另一方可以申请人民政府土地管理部门进行调处。
2.由人民政府调处理。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
二、土地不给确权的几种情况如下：
1.存在纠纷的土地。土地确权就在于摸清土地的权益归属问题，如果某块土地尚处于纠纷状态，一般需要在解决完纠纷问题之后才可确权。
2.私自开垦的荒地和未利用地不确权到户。每个村集体都有自己的一定的荒地和未利用土地，这些土地平常农村自己开垦一般也不会说什么，但是在此次确权中，如果农户没有与发包方签订土地的承包协议，那么就只能确权到村集体，而不能确权到户。
3.已退耕还林/退耕还草的耕地，并取得林权证和草地证。对于承包的林地和草地，如果已经取得了相应的林权证和草地证，则不纳入农村土地确权。
三、农村土地确权后使用年限是如下：
1.农村耕地的使用权年限为三十年，届满后再延长三十年；
2.草地和林地的使用权年限分别为三十年至五十年和三十年至七十年，届满后依法相应延长。
找法网提醒您，根据《农村土地承包法》第二十一条耕地的承包期为三十年。草地的承包期为三十年至五十年。林地的承包期为三十年至七十年。
前款规定的耕地承包期届满后再延长三十年，草地、林地承包期届满后依照前款规定相应延长。
第二十四条第一款国家对耕地、林地和草地等实行统一登记，登记机构应当向承包方颁发土地承包经营权证或者林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。
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